| 序号 | 级别 | 实验室名称 | 英文名称 | 批准时间 | 建设单位 | 批复部门 | 联系方式 |
| 1 | 省部共建国家重点实验室培育基地 | 北京脑重大疾病省部共建国家重点实验室培育基地 | Laboratory of Brain Disorders, Ministry of Science and Technology | 2010年 | 北京脑重大疾病研究院 | 科技部,北京市科委 | 83911987 |
| 2 | 教育部重点实验室 | 神经变性病教育部重点实验室 | Key Laboratory of Neurodegenerative Diseases，Ministry of Education | 2008年 | 宣武医院 | 教育部科技司 | 83198859 |
| 3 | 耳鼻咽喉头颈科学教育部重点实验室 | Key Laboratory of Otorhinolaryngology-Head & Neck Surgery， Ministry of Education | 2007年 | 附属北京同仁医院 | 58265801 |
| 4 | 儿科重大疾病研究教育部重点实验室 | Key Laboratory of Major Diseases in Children， Ministry of Education | 2008年 | 附属北京儿童医院 | 59616644 |
| 5 | 心血管重塑相关疾病教育部重点实验室 | Key Laboratory of Remodeling-related Cardiovascular Diseases, Ministry of Education | 2010年 | 附属北京安贞医院 | 64456046 |
| 6 | 心血管疾病医学工程教育部重点实验室（建设期） | Key Laboratory of Biomedical Engeering for Cardiovascular Disease Research, Ministry of Education | 2018年 | 附属北京安贞医院 | 64456046 |
| 7 | 北京市重点实验室 | 神经再生修复研究北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory of Neural Regeneration and Repairing | 2001年 | 基础医学院 | 北京市教委,北京市科委 | 83911757 |
| 8 | 肝脏保护与再生调节北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory of Liver Protection and Regulation of Regeneration | 2001年 | 基础医学院 | 83911757 |
| 9 | 多肽及小分子药物北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory of Peptide and Small Molecule Drug | 2005年 | 药学院 | 83911757 |
| 10 | 眼科学与视觉科学北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory of Ophthalmology and Visual Science | 2007年 | 附属北京同仁医院 | 58265769 |
| 11 | 呼吸和肺循环疾病北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory of Respiratory and Pulmonary Circulation Disorders | 2010年 | 附属北京朝阳医院 | 13301330604 |
| 12 | 临床流行病学北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory of Clinical Epidemiology | 2011年 | 公共卫生学院 | 北京市科委 | 83911757 |
| 13 | 脑血管病转化医学北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory of Translational Medicine for Cerebrovascular Disease | 2011年 | 附属北京天坛医院 | 83911757 |
| 14 | 脑功能疾病调控治疗北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory of Neuromodulation | 2011年 | 宣武医院 | 83198859 |
| 15 | 热带病防治研究北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory of Research on Prevention and Treatment for Tropical Diseases | 2011年 | 附属北京友谊医院 | 63139030 |
| 16 | 消化疾病癌前病变北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory of Precancerous Lesion of Digestive Diseases | 2011年 | 附属北京友谊医院 | 63139030 |
| 17 | 全牙再生与口腔组织功能重建北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory of Tooth Regeneration and Function Reconstruction for Oral Tissues | 2011年 | 附属北京口腔医院 | 57099310 |
| 18 | 乙型肝炎与肝癌转化医学研究北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory of Translational Research on Hepatitis B and Hepatocellular Carcinoma | 2011年 | 附属北京佑安医院 | 83997630 |
| 19 | 艾滋病研究北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory of HIV/AIDS Research | 2011年 | 附属北京佑安医院 | 83997630 |
| 20 | 脑肿瘤研究北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory of Brain Tumors | 2011年 | 北京市神经外科研究所 | 59976708 |
| 21 | 中枢神经系统损伤研究北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory of Central Nervous System Injury | 2012年 | 北京市神经外科研究所 | 59976708 |
| 22 | 鼻病研究北京市重点实验室 | Beijng Key Laboratory of Nasal Diseases | 2012年 | 附属北京同仁医院 | 58265801 |
| 23 | 磁共振成像脑信息学北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory of MRI and Brain Informatics | 2012年 | 宣武医院 | 83198859 |
| 24 | 帕金森病研究北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory of Parkinson’s Disease | 2012年 | 北京市老年病医疗研究中心（宣武医院） | 83198859 |
| 25 | 癫痫病临床医学研究北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory of Epilepsy | 2012年 | 北京三博脑科医院（第十一临床医学院） | 62856913 |
| 26 | 精神疾病诊断与治疗北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory of Mental Disorders | 2012年 | 附属北京安定医院 | 58303234 |
| 27 | 新发突发传染病研究北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory of Emerging Infectious Diseases | 2012年 | 附属北京地坛医院 | 84322903 |
| 28 | 耐药结核病研究北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory of Drug Resistant Tuberculosis Research | 2012年 | 北京市结核病胸部肿瘤研究所（附属北京胸科医院） | 89509298 |
| 29 | 儿童血液病与肿瘤分子分型北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory of Pediatric Hematology Oncology | 2012年 | 附属北京儿童医院 | 59616644 |
| 30 | 糖尿病防治研究北京市重点实验室 | Beijng Key Laboratory of Diabetes Research and Care | 2012年 | 附属北京同仁医院 | 58265801 |
| 31 | 代谢紊乱相关心血管疾病北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory of Metabolic Disorders Related Cardiovascular Diseases | 2013年 | 基础医学院 | 83911757 |
| 32 | 临床生物力学应用基础研究北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory of Fundamental Research on Biomechanics in Clinical Application | 2013年 | 生物医学工程学院 | 83911757 |
| 33 | 环境毒理学北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory of Enviromental Toxicology | 2013年 | 公共卫生学院 | 83911757 |
| 34 | 老年认知障碍疾病北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory of Geriatric Cognitive Disorders | 2013年 | 宣武医院 | 83198859 |
| 35 | 高血压病研究北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory of Hypertensive Diseases | 2013年 | 附属北京朝阳医院 | 13301330604 |
| 36 | 儿童耳鼻咽喉头颈外科疾病北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory of Pediatric Otolaryngology, Head & Neck Surgery | 2013年 | 附属北京儿童医院 | 59616644 |
| 37 | 肝硬化转化医学北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory of Translational Medicine in Cirrhosis | 2013年 | 附属北京友谊医院 | 63139030 |
| 38 | 肿瘤治疗性疫苗北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory of Cancer Therapeutic Vaccine | 2013年 | 附属北京世纪坛医院（肿瘤医学院） | 63926636 |
| 39 | 肿瘤侵袭和转移机制研究北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory of Cancer Invasion & Metastasis Research | 2014年 | 基础医学院 | 83911757 |
| 40 | 头颈部分子病理诊断北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory of Head and Neck Molecular Diagnostic Pathology | 2014年 | 附属北京同仁医院 | 58265801 |
| 41 | 胎儿心脏病母胎医学研究北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory of Maternal Fetal Medicine on Fetal Heart Disease | 2014年 | 附属北京安贞医院 | 64456046 |
| 42 | 儿童呼吸道感染性疾病研究北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory of Pediatric Respiratory Infectious Diseases | 2014年 | 附属北京儿童医院 | 59616644 |
| 43 | 低氧适应转化医学北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory of Hypoxia Translational Medicine | 2014年 | 宣武医院 | 83198859 |
| 44 | 移植耐受与器官保护北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory of Tolerance Induction and Organ Protection in Transplantation | 2014年 | 附属北京友谊医院 | 63139030 |
| 45 | 中医络病研究北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory of TCM Collateral DiseaseTheory Research | 2014年 | 中医药学院 | 83911757 |
| 46 | 神经电刺激研究与治疗北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory of Neurostimulation | 2014年 | 北京市神经外科研究所
（神经外科学院） | 59976708 |
| 47 | 中医感染性疾病基础研究北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory of Basic Research on TCM for Prevention and Treatment of Infectious Diseases | 2014年 | 北京市中医研究所
（附属北京中医医院） | 52176520 |
| 48 | 儿童慢性肾脏病与血液净化北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory of Chronic Kidney Disease and Blood Purification in Childhood | 2015年 | 附属北京儿童医院 | 59616644 |
| 49 | 眼内肿瘤诊治研究北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory of Intraocular Tumor Diagnosis and Treatment | 2015年 | 附属北京同仁医院 | 58265801 |
| 50 | 心肺脑复苏北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory of Cardiopulmonary Cerebral Resuscitation | 2015年 | 附属北京朝阳医院 | 13301330604 |
| 51 | 传染病相关疾病生物标志物北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory of Biomarkers for Infection Related Diseases | 2015年 | 附属北京佑安医院 | 83997630 |
| 52 | 银屑病中医临床基础研究北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory of Clinic and Basic Research with Traditional Chinese Medicine on Psoriasis | 2015年 | 北京市中医研究所（附属北京中医医院） | 52176520 |
| 53 | 尿液细胞分子诊断北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory of Urinary Cellular Molecular Diagnostics | 2015年 | 附属北京世纪坛医院 | 63926636 |
| 54 | 上气道功能障碍相关心血管疾病研究北京重点实验室 | Beijing Key Laboratory of Upper Airway Dysfunction-Related Cardiovascular Diseases | 2015年 | 附属北京安贞医院 | 64456046 |
| 55 | 脑功能重建北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratry of Brain Function Reconstuction | 2017年 | 附属北京天坛医院 | 59975827 |
| 56 | 针灸神经调控北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory of Acupuncture Neuroregulation | 2017年 | 附属北京中医医院 | 52176520 |
| 57 | 临床合理用药生物特征谱学评价北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory of Clinical Rational Drug Administration with Biocharacteristic Response Fingerprint | 2017年 | 附属北京世纪坛医院 | 63926636 |
| 58 | 肝衰竭与人工肝治疗研究北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory of Liver Failure and Artificial Treatment | 2017年 | 附属北京佑安医院 | 83997630 |
| 59 | 出生缺陷遗传学研究北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory for Genetics of Birth Defects | 2017年 | 附属北京儿童医院 | 59616644 |
| 60 | 冠心病精准治疗北京市重点实验室 | Beijing Key Laboratory of Precision Medicine of Coronary Atherosclerotic Disease | 2017年 | 附属北京安贞医院 | 64456046 |