| 序号 | 基地名称 | 英文名称 | 基地级别 | 基地单位 | 认定时间 | 认定单位 |
| 1 | 心血管疾病国家国际科技合作研究基地 | National International Cooperation Base for Science and Technology on Cardiovascular Disease | 国家级 | 首都医科大学附属北京安贞医院 | 2009 | 科技部 |
| 2 | 儿童健康发展国际联合研究中心 | International Joint Research Center for Child Health and Development | 国家级 | 首都医科大学附属北京儿童医院 | 2018 | 科技部 |
| 3 | 传染病转化医学北京市国际科技合作基地 | Beijing International Cooperation Base for Science and Technology on Cardiovascular Clinical Medicine | 北京市 | 首都医科大学附属北京佑安医院 | 2011 | 北京市科委 |
| 4 | 精神分析和认知行为治疗北京市国际合作基地 | Beijing International Cooperation Base for Science and Technology on Psychoanalysis and Cognitive Behavior Therapy | 北京市 | 首都医科大学附属北京安定医院 | 2011 | 北京市科委 |
| 5 | 心血管临床医疗北京市国际科技合作基地 | Beijing International Cooperation Base for Science and Technology on Cardiovascular Clinical Medicine | 北京市 | 首都医科大学附属北京安贞医院 | 2014 | 北京市科委 |
| 6 | 医学大数据分析示范北京市国际科技合作基地 | Beijing International Cooperation Base for Science and Technology on Medical Big Data Analysis Demonstration | 北京市 | 北京市心肺血管疾病研究所 | 2014 | 北京市科委 |
| 7 | 脑肿瘤研究北京市国际科技合作基地 | Beijing International Cooperation Base for Science and Technology on Brain Tumor | 北京市 | 北京市神经外科研究所 | 2014 | 北京市科委 |
| 8 | 针灸神经保护北京市国际科技合作基地 | Beijing International Cooperation Base for Science and Technology on Acupuncture and Neuroprotection | 北京市 | 首都医科大学附属北京中医医院 | 2014 | 北京市科委 |
| 9 | 耳鼻咽喉科学北京市国际科技合作基地 | Beijing International Cooperation Base for Science and Technology on Otolaryngology Head and Neck Surgery | 北京市 | 北京市耳鼻咽喉科研究所 | 2014 | 北京市科委 |
| 10 | 口腔组织功能重建北京市国际科技合作基地 | Beijing International Cooperation Base for Science and Technology on Function Reconstruction of Oral Tissues | 北京市 | 首都医科大学附属北京口腔医院 | 2014 | 北京市科委 |
| 11 | 脑重大疾病转化医学北京市国际科技合作基地 | Beijing International Cooperation Base for Science and Technology on Translational Medicine of Brain Disorders | 北京市 | 北京脑重大疾病研究院（首医脑重大疾病研究中心） | 2014 | 北京市科委 |
| 12 | 公共卫生安全北京市国际科技合作基地 | Beijing International Cooperation Base for Science and Technology on Public Health Security | 北京市 | 首都医科大学公共卫生学院 | 2014 | 北京市科委 |
| 13 | 眼科诊疗设备北京市国际科技合作基地 | Beijing International Cooperation Base for Science and Technology on Ophthalmic Equipments | 北京市 | 首都医科大学附属北京同仁医院国家眼科诊断与治疗设备工程技术研究中心、北京同仁医学科技开发公司 | 2014 | 北京市科委 |
| 14 | 生殖内分泌医学北京市国际科技合作基地 | Beijing International Cooperation Base for Science and Technology on Reproductive Endocrine Medicine | 北京市 | 首都医科大学附属北京妇产医院 | 2015 | 北京市科委 |
| 15 | 儿童重大疾病研究北京市国际科技合作基地 | Beijing International Cooperation Base for Science and Technology on Major Diseases in Children | 北京市 | 首都医科大学附属北京儿童医院 | 2015 | 北京市科委 |
| 16 | 肿瘤免疫治疗北京市国际科技合作基地 | Beijing International Cooperation Base for Science and Technology on Cancer Immunotherapy | 北京市 | 首都医科大学附属北京世纪坛医院 | 2015 | 北京市科委 |
| 17 | 胎儿心脏病母胎医学研究北京市国际科技合作基地 | Beijing International Cooperation Base for Science and Technology on Maternal Fetal Medicine in Fetal Heart Disease | 北京市 | 首都医科大学附属北京安贞医院胎儿心脏病母胎医学研究北京市重点实验室 | 2015 | 北京市科委 |
| 18 | 睡眠呼吸暂停相关心血管病防治北京市国际科技合作基地 | Beijing International Cooperation Base for Science and Technology on Upper Airway Dysfunction-Related Cardiovascular Diseases | 北京市 | 首都医科大学附属北京安贞医院上气道功能障碍北京市重点实验室 | 2015 | 北京市科委 |
| 19 | 妇产科疾病免疫学转化研究北京市国际科技合作基地 | Beijing International Cooperation Base for Science and Technology on Immunological Translational Research of Obstetrics and Gynecology Diseases | 北京市 | 首都医科大学附属北京朝阳医院 | 2015 | 北京市科委 |
| 20 | 脑肿瘤分子显像研究与转化北京市国际科技合作基地 | Beijing International Cooperation Base for Science and Technology on Molecular Imaging Translation on Brain Tumor | 北京市 | 首都医科大学附属北京天坛医院 | 2015 | 北京市科委 |
| 21 | 声源定位测试及康复训练北京市国际科技合作基地 | Beijing International Cooperation Base for Science and Technology on Sound Localization Test and Rehabilitation | 北京市 | 首都医科大学附属北京朝阳医院耳鼻咽喉头颈科学教育部重点实验室 | 2016 | 北京市科委 |
| 22 | 泌尿外科手术技术北京市国际科技合作基地 | Beijing International Cooperation Base for Science and Technology on Urology | 北京市 | 首都医科大学附属北京友谊医院 | 2016 | 北京市科委 |
| 23 | 腹膜癌综合诊治新技术北京市国际科技合作基地 | Beijing International Cooperation Base for Science and Technology on Integrated Diagnosis and Treatment Strategy for Peritoneal Carcinomatosis | 北京市 | 首都医科大学附属北京世纪坛医院肿瘤中心 | 2017 | 北京市科委 |
| 24 | 妇产科超声北京市国际科技合作基地 | Beijing International Cooperation Base for Science and Technology on Ultrasound in Obstetrics and Gynecology | 北京市 | 北京市产前诊断中心（北京妇产医院） | 2017 | 北京市科委 |
| 25 | 间质性肺疾病临床诊疗与研究北京市国际科技合作基地 | Beijing International Cooperation Base for Science and Technology on Interstitial Lung Diseases | 北京市 | 北京市呼吸疾病研究所 | 2017 | 北京市科委 |